La ferma decisione dei francescani, venuti in possesso perpetuo di S. Legonziano nel 1252, di voler incorporare questa preesistente Chiesa in quella "superiore e contigua" da erigere in onore di S. Francesco, ha comportato l’ideazione e la soluzione tecnica seguente: l’abside della nuova chiesa, con pavimento rialzato rispetto alla navata, veniva posizionata sulla vecchia chiesa, come se fosse una cripta, e inglobata talmente da farne un unico complesso architettonico, ma con funzionalità autonoma per entrambe. Ciò può denotare la grande stima per il luogo dove si è verificato il Miracolo Eucaristico e la decisa volontà di conservarlo nei secoli, insieme alla nuova chiesa di S. Francesco. Le vicissitudini storiche riguardanti questo luogo insigne non sono ancora terminate; tuttavia, oggi, gli ambienti che costituivano la chiesa di S. Legonziano sono stati riacquistati e restaurati dal Comune di Lanciano, sotto la direzione della competente Soprintendenza ai B.A.A.A.S. Per la precisione, sono state eliminate tutte le aggiunte e le soprastrutture murarie esterne, si sono rimesse in luce le basi dell’abside di S. Francesco e della torre campanaria.

All’interno, oltre la demolizione di soffitti, di pareti e d’intonaci aggiunti, sono state necessarie, prima, pazienti e laboriose ricerche per reperire gli affreschi; dopo, certosini lavori di salvataggio dei medesimi, con due lotti di lavoro per il restauro conservativo, consistito nel consolidamento, pulitura e restauro vero e proprio degli affreschi stessi.
Ecco come in una "Nota", rimasta inedita, l’antica e sobria chiesa di S. Legonziano veniva descritta negli anni 1920 dal Bellini, ispettore onorario ai Monumenti: "Il locale si compone di una lunga navata di circa metri 20 x 6 con volta ad archi a sesto acuto.
A sinistra di chi entra, verso la fine della navata, una bassa ed ampia arcata a tutto sesto immette in ampio locale o cappellone, con volte anche a sesto acuto e con finestre allungate, oltre ad altri vani attigui. Tanto la navata, diciam così", principale, come il cappellone sono ornati di affreschi, disgraziatamente in gran parte deperiti, e per lo scrostamento dell’intonaco e per lo scialbo di calcina, più volte sovrappostovi. Il cappellone è interamente decorato nelle pareti e nella volta. é diviso in tanti scompartimenti rappresentanti scene del Giudizio Universale".(1) .
Il restauro è riuscito a salvare gli affreschi del cappellone, che illustrano un’Apocalisse apocrifa e sono datati 16 maggio 1515. Nelle pareti interne del campanile, sicuramente dipinte, sono riemersi la sagoma della Croce in una scena della Crocifissione ed un volto splendido di angelo. Nella navata grande si sono recuperate piccole parti affrescate. Eppure il citato Bellini aveva osservato: "di epoca anteriore, e più importanti, sono gli avanzi degli affreschi che si vedono ancora nelle pareti della navata principale. Alla destra dell’entrante una figura di levita con il libro nella sinistra ed un istrumento non ben precisato nella destra, che al certo deve essere un santo diacono. Sotto di questi affreschi, di epoca più antica, ve ne sono altri, e in effetti a fianco della precedente figura se ne vede un’altra, su d’un altro strato d’intonaco, rappresentante anche un santo levita; più in là varie figure più piccole, ma interamente rovinate. I migliori affreschi si trovano sul muro di prospetto al precedente. Vi è un S. Antonio Abate, di aspetto e fattura bellissimo; un S. Giovanni Battista, vestito di pelle con manto rosso e con una tavola nella sinistra ove in lettere gotiche è scritto: ECC EA GN US DE I EC CE Q UI TOL.

Il resto è scrostato, come pure è rotto l’intonaco dalle ginocchia in sotto delle dette figure. Più a destra del riguardante è la Crocifissione (ora inesistente), di cui appena si scorgono i contorni del Cristo e di S. Giovanni; parte però della Madonna è intatta. Queste figure sono certamente del secolo XIII".(2). Dal momento delle annotazioni del Bellini fino al restauro effettuato, purtroppo, c’è stato non solo il deterioramento, ma anche la definitiva perdita di superfici affrescate, importanti proprio sotto il profilo storico.

(1) C.MARCIANI, LA CHIESA E IL CONVENTO DI S. FRANCESCO, cit. pp. 63-64.